日本是世界上最健康的人口之一，女性和男性的预期寿命都是最高的。它是婴儿死亡率和产妇死亡率最低的国家之一。日本的三大死亡原因是与年龄有关的疾病，如恶性肿瘤、心脏病和脑血管病。然而，在经合组织国家中，心脏病死亡率最低，约为每10万人口31人死亡。卫生保健系统决定人口健康的各种因素，如一般健康风险暴露、生活习惯、健康教育以及获得卫生保健的机会。每个日本公民都有资格通过覆盖率接近100%的全民医疗获得医疗，医疗费用由政府严格控制。政府或雇主提供的健康保险至少涵盖70%的医疗费用。剩下的10%到30%通常由患者支付，具体取决于个人的财务状况。人们可以自由选择接受任何私人或公共医疗机构的治疗，这些机构总计约17.9万个。法律要求医院以非营利形式运营，医院必须由医生拥有和运营。县和大城市的卫生行政部门分为几个区，每个区都有一个公共卫生中心（hoken-jo）。公共卫生中心计划、监督和评估其负责地区的卫生项目。日本的疾病预防公司必须为其员工提供定期体检，例如视力、听力、肝功能和血脂水平测试，每年至少一次。公共卫生中心还为35岁以上的人提供免费健康检查。此外，所有教育机构到高等学校每年都进行一般健康检查，包括牙齿健康、阑尾健康、结核病等。卫生部还强烈建议从出生后第二个月开始接种白喉、百日咳、破伤风、脊髓灰质炎、乙型肝炎、Hib、结核病和小儿肺炎球菌等“A型疾病”疫苗。2020年12月，随着冠状病毒（新冠肺炎）在该国的传播，政府修订了最初于1948年颁布的《免疫法》。根据该修正案，政府将承担新冠肺炎疫苗接种的所有费用以及与疫苗接种副作用有关的疾病赔偿。政府于2021 2月开始接种新冠肺炎疫苗，主要针对卫生专业人员。针对普通人群的疫苗推广工作于4月开始，从65岁及以上的公民开始。截至2021 7月初，近9%的人口已接种了疫苗。