日本拥有不同的气候区域，从北部的湿润大陆性气候到南部的亚热带气候。该群岛有四个不同的季节，但太平洋一侧和日本海一侧的天气条件不同。虽然日本北部夏季温暖，冬季寒冷，日本海一侧山区降雪，但南部地区夏季炎热潮湿，冬季温和偏冷。日本的季节性天气由于来自太平洋和东南亚的热带气流，日本夏季的特点是高温高湿。首都东京的月平均气温通常在8月达到峰值，达到27摄氏度以上。在冲绳，7月至9月间气温升至28摄氏度以上，而北海道北部主要岛屿的首府札幌7月的气温仅为24摄氏度左右。一月往往是群岛上最冷的月份。大雪主要发生在北海道的山区以及本州岛北部面向日本海的地区。相比之下，南部地区很少下雪。近年来，年平均降雨量约为1.77万毫米。大部分降雨发生在雨季，雨季是一年中一个地区年平均降雨量最多的时候。在日本大部分地区，雨季从6月初持续到7月中旬。在冲绳，它大约提前一个月开始，但北海道等北部地区受影响较小。此外，暴雨通常是由台风引起的，台风在7月至10月期间定期靠近群岛。台风在太平洋上发展，很可能接近日本南部地区，而北海道是受影响最小的地区。自然灾害和极端天气由于日本位于多个板块交汇的火环地区，因此容易受到地震、海啸和火山爆发等自然灾害的影响。由于台风经常造成暴雨，住宅建筑经常因洪水而受损。近年来，全球变暖已经影响到群岛，导致平均温度上升，在台风、暴雨、，温度超过35度。这导致市民健康问题增加，如中暑，以及自然灾害造成的更高损害成本。为了应对全球变暖，日本目前旨在增加可再生能源和核能的份额，以减少其碳足迹。