水是世界上最宝贵的资源之一，对所有已知的生命形式都至关重要。在日本，超过98%的人口有饮用自来水，人均日平均用水量约为286升。大部分自来水是通过自来水厂供应的，而少量是通过小型供水系统以及私人供水系统供应的。日本政府根据1957年首次颁布的《供水法》（water Supply Act）严格管理自来水。为了确保为公民提供安全饮用水，该法规定了所有供水系统、供水设施的建设以及卫生措施。日本的用水和使用通常情况下，农业部门是用水最密集的部门，其次是工业部门，而住宅部门的用水需求较小。在日本制造业中，纸浆和纸制品行业对水的需求最大，其次是化学工业。沿海关东地区仍然是耗水量最高的地区，可能是因为东京大都会区人口稠密，是群岛上的主要工业中心之一。此外，水被用来发电。水能，也称水力发电，是由河流和溪流等流动的水产生的能量。近年来，水电是日本最大的可再生能源。但是，由于常规水电潜力几乎已充分开发，因此很难进一步增加容量。日本的废水和水污染废水是指被人类活动污染的水，包括家庭用于冲洗厕所和洗衣服的水，以及工业部门生产过程中使用的水。将近92%的日本人口使用污水处理系统。污水管道是使用最广泛的污水处理设施，而少量居民使用化粪池、排水系统和社区下水道。水污染已成为世界性的环境问题。在日本，石油是造成海洋污染的最大原因。塑料废物也是水污染的常见来源，主要由一次性塑料产品造成，如食品容器和塑料购物袋。日本政府于1970年首次颁布了《水污染控制法》，通过控制污水排放、监测水质和赔偿损失来预防和控制水污染。此外，政府开始投资于污染控制技术、生活污水处理系统，并通过所谓的3R运动，教育公众和企业减少、回收和再利用废物的重要性。