鼠疫可以说是人类历史上最臭名昭著、最令人恐惧的疾病。它是由鼠疫耶尔森菌引起的，该菌主要通过老鼠及其跳蚤传播。当跳蚤感染鼠疫时，这种细菌会阻塞它的胃，使它难以进食；跳蚤在进食时变得更具攻击性，将细菌反流到叮咬伤口，并将感染传播给宿主。当受感染的鼠蚤叮咬人类时，它们会感染淋巴腺鼠疫，导致叮咬周围的淋巴结肿胀。鼠疫耶尔森菌同时杀死受感染的细胞，同时阻止它们与人体免疫系统的联系，这意味着如果不治疗，这种疾病几乎总是致命的。腺鼠疫是这种疾病最常见的形式。然而，如果感染进入肺部，鼠疫也会变成肺炎；如果感染进入血液，鼠疫就会变成败血症；这两种疾病都较罕见，但比腺鼠疫更致命。这三次主要的鼠疫大流行可追溯到中亚，那里的啮齿动物群体是自然宿主，疾病在其中存活了数千年。541年，查士丁尼瘟疫（plague of Justinian）被公认为有史以来第一次有可靠记录的重大瘟疫大流行。这场瘟疫以查士丁尼一世命名，查士丁一世在瘟疫爆发期间是拜占庭帝国的皇帝，他自己感染了该病毒（但幸存下来）。帝国首都君士坦丁堡是疫情期间受灾最严重的城市，仅在第一年就有30万人死亡（每天多达10000人）。历史资料表明，瘟疫起源于撒哈拉以南非洲，在地中海地区两个世纪的反复发生中，最终夺去了2500万至1亿人的生命。这些理论直到最近才被普遍接受，新的证据显示，瘟疫可能是由欧亚草原的匈奴人带到欧洲的。2019年的研究还认为，没有证据支持君士坦丁堡以外地区的估计死亡人数，并表明这场大流行的规模远小于此前的设想。第二次（也是最著名的）瘟疫于1347年以黑死病的形式传入欧洲。该疾病是由蒙古人入侵克里米亚而向西传播的，之后逃离意大利商人，然后通过地中海沿岸的许多港口将其运回意大利。瘟疫从这里蔓延到欧洲和北非，然后又传回亚洲。这种流行病在欧洲达到了五年来的顶峰，在全球范围内造成多达2亿人死亡。尽管黑死病在13世纪50年代开始缓解，并且从未在欧洲流行，但在接下来的五个世纪里，瘟疫经常再次传入欧洲大陆的各个地区，伦敦和莫斯科等主要城市屡遭袭击，一些地区甚至在后来的流行病中死亡人数比黑死病期间还要高。到16世纪中叶，鼠疫疫情在欧洲大部分地区消失，但在北非、中东和欧亚草原一直持续到19世纪末。这场大流行期间死亡人数增加的一个理论是，人体跳蚤保留病毒的能力，导致肺鼠疫病例增加，这更具传染性和致命性。第三次瘟疫大流行始于19世纪50年代的中国，就我们今天对该病毒的了解而言，这无疑是最重要的。它在云南地区被控制了几十年，直到潘泰起义等社会经济因素导致一波难民潮将疾病传播到中国其他地区。随后，英国商人从香港将这种疾病传播到帝国的其他地区，而印度因鼠疫遭受的损失最大。在这场大流行期间，香港的科学家成功地鉴定出了鼠疫耶尔森菌，并证实了老鼠之间的关系，跳蚤和疾病的传播。这种流行病一直持续到二十世纪下半叶，在所有有人居住的大陆都爆发了疫情。1897年开发了一种鼠疫疫苗，它有助于控制印度的鼠疫，并在随后的1900年疫情中发挥了作用。由于药物、卫生设施的改善和自然水库的灭绝，鼠疫病例在整个二十世纪急剧下降。今天仍有少数鼠疫病例报告，其中95%发生在撒哈拉以南非洲和马达加斯加。2010年至2015年，全球报告了3248起鼠疫病例，导致584人死亡。2018年，美国甚至报告了一例病例。如今，鼠疫疫情对当局来说很容易控制，而且可以用抗生素轻松治疗。然而，与天花或麻疹等已经或正在通过疫苗接种根除的疾病不同，鼠疫在野生啮齿动物群体中的自然存在使其在自然界中很难消除，而且在未来几十年内，这种疾病不太可能完全消除。